In fijnstof zitten micro-organismen zoals schimmels en bacteriën. Daarom worden ook toxinen gevonden die van micro-organismen afkomstig zijn. Een belangrijk toxine is het endotoxine.  

Endotoxinen zijn bouwstenen van de celwand van (Gram-negatieve) bacteriën die toxische effecten op de mens kunnen hebben. Het zijn dode deeltjes, die geen pathogene eigenschappen meer hebben. Wel kunnen endotoxinen na inademing tot gezondheidsklachten leiden. Naast endotoxinen komen ook andere bouwstenen van celwanden van micro-organismen voor in fijnstof. Het gaat dan om peptidoglucanen die afkomstig zijn van Gram-positieve bacteriën of glucanen die afkomstig zijn van schimmels. Deze hebben vaak een vergelijkbare toxische werking, maar omdat endotoxine als een van de meest schadelijke toxines wordt gezien ligt de nadruk vaak op het voorkomen van endotoxinen.

Endotoxine komt niet alleen in het fijnstof voor. Ook in de fractie 10-100 micrometer komen endotoxinen voor. De concentratie endotoxinen (EU Europese unie (Europese unie)/m³)  is dus verdeeld over meer dan alleen het fijnstof. Dit is relevant omdat een eigenschap van de grotere deeltjes is dat ze over het algemeen minder ver komen via de lucht en ook minder diep in de luchtwegen dringen. Meer onderzoek is nodig om de invloed van deze eigenschappen bij endotoxinen te bepalen.